自秦汉时代的《神农本草经》问世以来，“本草”二字便有了其特殊的含义。药物学被叫做“本草学”，药物专著被称为“本草书”，药物学史被称为“本草史”，明代李时珍著有《本草纲目》。经千百年的沿用，“本草”一词已经成了所有中医药物的统称。

为什么称中医药物为“本草”呢？因为“诸药中草类最多也”。这是长期以来人们公认的解释。古代以“草”或“草木”作为植物的代称，而中药里又以植物性药物为主，所以这样的解释是不错的。但若从药物的起源过程来考察，认识还可以再深入一步。一般认为，原始人类在寻找食物的过程中，逐渐发现了某些动、植物的医疗功效，进而用于医疗实践，这就是药物起源。由于人类对植物接触最多，认识最早，起初寻找药物时只是在植物中进行，所以最初的药物只有植物性药物。《说文解字》云：“药，治病草也，从草。”这也反映了最初只有植物药的状况。虽然以后又发现了动物药，矿物药，但“草为药之本”的概念一直被保留了下来。这就是后世把药物称为“本草”的由来。《墨子》中的《贵义》篇有“譬若药然草之本”句，可以算是最先以“本草”言药者。